La abundancia de líquenes (asociación de alga y hongo) es una de las características destacables de la población vegetal de Muniel.los, estimándose en más de mil especies las existentes en esta reserva. La presencia de algunos de estos líquenes indica una gran pureza del aire, pues son muy sensibles a la contaminación atmosférica – hasta el punto de constituir un excelente indicador del grado de contaminación – .
Un de los líquenes más abundantes en Muniel.los, y de los que más llamen l'atención del visitante, ye'l Usnea barbata – que popularmente recibe el nombre de barbas de cacuchino -, d'aspeutu filamentoso y que puede reparase colgando de les cañes de los árboles. El Usnea ye un liquenes epífito, esto ye, vive sobro otru vexetal aprovechando como soporte los resquiebros de la corteza; el carbayu albar, de corteza rugosa y poco aceda, apurre a estos liquen un bon sustrato. Los liquen epífitos aprovechen pa crecer y desenvolvese la dómina en que los árboles tán desprovistos de fueyes, siendo ésti'l momentu nel que resulten más evidentes.
Amás del Usnea, en Muniel.los abunden otros líquenes epífitos como los de los xéneros. Lobaria, Nephroma, Pannaria, Platismatia, Pseudoevernia, Evernia, Parmelia, Parmeliopsis y Cetraria. Dentro de los líquenes saxícolas – los que viven sobre rocas – se habla de líquenes silicícolas cuando crecen sobre rocas de tipo silíceo. En Muniel.los, los líquenes saxícolas-silícolas se pueden encontrar en rocas y bloques de canchales, y están representados, entre otros, por géneros como Rhizocarpon, Parmelia, Parmelina, Lecanora, o Hypogimnia.
Otru tipu de liquen son los terrícoles, que crecen directamente sobro suelos yá más formaos; ente éstos podemos mentar los del xéneru Cladonia – con las vistosas especies de coccidera y pyxdara -, Diploschistes o Peltigera.