La abundancia de líquenes (asociación de alga y hongo) es una de las características destacables de la población vegetal de Muniel.los, estimándose en más de mil especies las existentes en esta reserva. La presencia de algunos de estos líquenes indica una gran pureza del aire, pues son muy sensibles a la contaminación atmosférica – hasta el punto de constituir un excelente indicador del grado de contaminación – .

Uno de los líquenes más abundantes en Muniel.los, y de los que más llaman la atención del visitante, es el Usnea barbata – que popularmente recibe el nombre de barbas de cacuchino -, de aspecto filamentoso y que se puede observar colgando de las ramas de los árboles. El Usnea es un liquen epífito, es decir, vive sobre otro vegetal aprovechando como soporte las grietas de la corteza; el roble albar, de corteza rugosa y poco ácida, proporciona a estos líquenes un buen sustrato. Los líquenes epífitos aprovechan para crecer y desarrollarse la época en que los árboles están desprovistos de hojas, siendo éste el momento en el que resultan más evidentes.

Además del Usnea, en Muniel.los abundan otros líquenes epífitos, como los de los géneros Lobaria, Nephroma, Pannaria, Platismatia, Pseudoevernia, Evernia, Parmelia, Parmeliopsis y Cetraria. Dentro de los líquenes saxícolas – los que viven sobre rocas – se habla de líquenes silicícolas cuando crecen sobre rocas de tipo silíceo. En Muniel.los, los líquenes saxícolas-silícolas se pueden encontrar en rocas y bloques de canchales, y están representados, entre otros, por géneros como Rhizocarpon, Parmelia, Parmelina, Lecanora, o Hypogimnia.

Otro tipo de líquenes son los terrícolas, que crecen directamente sobre suelos ya más formados; entre éstos podemos mencionar los del género Cladonia – con las vistosas especies de coccidera y pyxdara -, Diploschistes o Peltigera.